JavaScriptで遅延処理をさせる

遅延実行(タイマー処理)が必要な場合にはsetTimeoutを使用します。
setTimeout(function(){ /*処理の中身*/ },待機時間);
待機時間はミリ秒(1秒なら1000)で指定します。

簡単なサンプル

5秒経過後にメッセージ表示を切り替えるだけの簡単なサンプルです。
https://gist.github.com/akifumi-kamata/656281d7435090b02401